Yapıtlarının çoğunluğu özyaşamöyküseldir, bir uyuşturucu bağımlısı olarak yaşadığı ve gerçeküstü ya da grafik imgeler, deneysel yapılar ve güçlü taşlama dilini kullandığı bir ses aracılığıyla bozup çarpıttığı deneyimlerini konu alır. İlk dönem yapıtları sık sık Beat Kuşağı ile özdeşleştirilir. Allen Ginsberg, Gregory Corso, Jack Kerouac ve Herbert Huncke gibi Beat’çiler yakın arkadaşlarıydı ancak onun yapıtlarının etkisi bu kuşağın ve edebiyatın ötesine geçip, karşı-kültürle özdeşleşen edebiyat, müzik ve sanat akımlarına ilham vermiştir. Yapıtları özellikle yaşadığı dönemde önemli tartışmalara yol açan Burroughs’un en ünlü romanı Çıplak Şölen 1966 yılında Massachusetts Yüksek Mahkemesi’nde görülen davada muzır neşriyat yasalarının sanatçılar lehine yumuşatılmasına vesile olmuştur. Burroughs 1983 yılında Amerikan Akademisi ve Sanat ve Edebiyat Enstitüsü’ne kabul edildi. Disposable Heroes of Hiphoprisy ve Kurt Cobain’le müzik çalışmaları da yapan “Görünmeyen Adam” Burroughs 2 Ağustos 1997’de öldü.
Yapıtlarından bazıları: Junkie (1953); Naked Lunch (1959; Çıplak Şölen, çev.: Üçel Birlik, Altıkırkbeş Yayınları, 1999); Minutes To Go (1960) (Brion Gysin, Sinclair Beilles ve Gregory Corso ile); The Exterminator (1960) (Brion Gysin ile); The Soft Machine (1961); The Ticket That Exploded (1962); Dead Fingers Talk (1963); The Yage Letters (1963) (Allen Ginsberg ile; 1990’larda sansürlenmiş kısımları eklenerek yeniden basıldı); Nova Express (1964); The Job (1969) (Daniel Odier ile); The Last Words of Dutch Schultz (1970); Jack Kerouac (1970) (Claude Pelieu ile); The Wild Boys (1971); Brion Gysin Let the Mice In (1973) (Gysin ile); Port of Saints (1973); Letters to Allen Ginsberg 1953-1957 (1976); The Third Mind (1977) (Gysin ile); Cities of the Red Night (1981); “Ah Pook is Here!” (1979); Nova Express (1964); Cities of the Red Night (1981); “Sinki’s Sauna” (1982); The Place of Dead Roads (1983); The Adding Machine: Collected Essays (1985); Queer (1985; Top, çev.: Çetin Şan, Ali Kaftan, Altıkırkbeş Yayınları, 2001) (Junkie’nin ardından basılması tasarlanmış, ancak piyasaya 1985’te çıkmıştır); The Cat Inside (1986; İçerdeki Kedi, çev.: Fahri Öz, Nihan Hatipoğlu, Altıkırkbeş Yayınları, 2003) (Brion Gysin ile); The Western Lands (1987); Interzone (1987); Apocalypse (1988) (Keith Haring ile); Tornado Alley (1989); Uncommon Quotes Vol. 1 (1989); Ghost of Chance (1991; Şans Hayaleti, çev.: Funda Önkol, Altıkırkbeş Yayınları, 1996); My Education: A Book of Dreams (1996); Word Virus: The William Burroughs Reader (1998); Burroughs Live: The Collected Interviews of William S. Burroughs, 1960-1997 (2000); Last Words: The Final Journals of William S. Burroughs (2001).